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CHIRP 检测

关键词:分子生物学    实验室   免疫共沉淀  染色质免疫共沉淀 免疫沉淀  分子检测   第三方检测机构
 
ChiRP(Chromatin Isolation by RNA Purification )是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白相互作用的技术。该检测方法通过设计生物素或链霉亲和素探针,把目标RNA拉下来以后,与其共同作用的DNA染色体片段就会附在到磁珠上,最后通过qRT-PCR、测序、免疫印迹法和质谱分析等确定目的RNA、DNA和蛋白。
检测特点
(1)、CHIRP实验可研究细胞体内互作;
(2)、CHIRP实验既同时可研究RNA、蛋白质和DNA形成的复合体之间的互作;也可研究它们之间的两两互作;
(3)、利用CHIRP-MS实验寻找与目的lncRNA结合的蛋白,可不受lncRNA长度的限制;
(4)、利用CHIRP实验可研究circRNA与蛋白质或DNA之间的互作。
检测步骤
(1)、CHIRP-RNA:探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→RNA回收与纯化→NGS或qRT-PCR检测;
(2)、CHIRP-DNA:探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→DNA回收与纯化→NGS或qPCR检测;
(3)、CHIRP-Protein:探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→蛋白分离→质谱鉴定。
 
ChIRP检测标准分组:
(1)、IP组:目标lncRNA/circRNA Odd组和Even组(即实验组,用于鉴定lncRNA/circRNA作用基因组位置)
(2)、lacZ组:外参对照组,证明ChIRP探针的特异性;
(3)、Input组:捕获前分离提取的基因组DNA,作为内参对照组,证明探针特异性;
(4)、Positive组:阳性对照组,通过已知验证有效的探针,通过WB检测已知结合蛋白质,证明整个ChIRP实验体系的有效性;
(5)、目标lncRNA/circRNA qPCR:证明ChIRP探针对目标lncRNA的正确结合及有效捕获。
 

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