CHIRP检测

　　ChiRP(Chromatin Isolation by RNA Purification)是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白相互作用的技术。该检测方法通过设计生物素或链霉亲和素探针，把目标RNA拉下来以后，与其共同作用的DNA染色体片段就会附在到磁珠上，最后通过qRT-PCR、测序、免疫印迹法和质谱分析等确定目的RNA、DNA和蛋白。

　　检测特点：

　　（1）、CHIRP实验可研究细胞体内互作；

　　（2）、CHIRP实验既同时可研究RNA、蛋白质和DNA形成的复合体之间的互作；也可研究它们之间的两两互作；

　　（3）、利用CHIRP-MS实验寻找与目的lncRNA结合的蛋白，可不受lncRNA长度的限制；

　　（4）、利用CHIRP实验可研究circRNA与蛋白质或DNA之间的互作。

　　检测步骤：

　　（1）、CHIRP-RNA：探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→RNA回收与纯化→NGS或qRT-PCR检测；

　　（2）、CHIRP-DNA：探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→DNA回收与纯化→NGS或qPCR检测；

　　（3）、CHIRP-Protein：探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→蛋白分离→质谱鉴定。

　　ChIRP检测标准分组：

　　（1）、IP组：目标lncRNA/circRNA Odd组和Even组（即实验组，用于鉴定lncRNA/circRNA作用基因组位置）

　　（2）、lacZ组：外参对照组，证明ChIRP探针的特异性；

　　（3）、Input组：捕获前分离提取的基因组DNA，作为内参对照组，证明探针特异性；

　　（4）、Positive组：阳性对照组，通过已知验证有效的探针，通过WB检测已知结合蛋白质，证明整个ChIRP实验体系的有效性；

　　（5）、目标lncRNA/circRNA qPCR：证明ChIRP探针对目标lncRNA的正确结合及有效捕获。